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Les premiers arthropodes fossiles apparaissent au Cambrien (542 millions à 488 millions d'années) et sont représentés par des trilobites, des mérostomes et des crustacés. Sont également présents certains arthropodes énigmatiques qui n'entrent dans aucun des sous-phylums existants.
Le premier arachnide terrestre date de la période dévonienne (416 millions à 359 millions d'années), mais il n'appartient à aucun ordre vivant.
Bien qu'un fossile semblable à un myriapode ait été trouvé à partir de la période dévonienne, ce n'est pas avant la période carbonifère (il y a 359 millions à 299 millions d'années) qu'il y a un bon nombre de mille-pattes, de mille-pattes et d'insectes.
Les spécimens d'acariens phytophages datés du Trias (251 millions à 199,6 millions d'années) sont parmi les plus anciens fossiles d'arthropodes conservés dans l'ambre.
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